マイクロX線CTスキャン

Image Jを使ったCT画像の立体構築の方法について，

少し（ホントに初歩的ですが）出来るようになったので備忘録もかねて紹介します．

今回はFijiというImage Jの画像処理パッケージを使用します．
 

用意するものは以下の通り．
 

1.  連続切片画像データ（組織切片画像などは別途ズレを調整する必要あり）

2.　Fijiソフトウェア

3. 立体構築にかける意気込み 
 

○準備

・連続画像データのファイル名は全て連続番号にしておく．

・立体構築を行うためのフォルダ（今回は「3D」とします）を作り，

その中を連続画像データだけにしておく．
 

「3D」フォルダ内がこんな感じになればOK. 
 

1．Fiji をDLする．

・http://fiji.sc/Fijiのリンク先の”Downloads”から適切なver.をDLする．

・fiji.weim64.zipがDLされるので，解凍する．

・解凍先（デスクトップにしておくと便利）にFiji.appフォルダーができる．
 

2. Fijiで画像を読み込む

・Fiji.appフォルダ内のImageJ-win64.exeを立ち上げる．

・こんなのが立ち上がるので，「File> Import> Image Sequence」を選択し，

「3D」フォルダの中から最も番号の若い連続切片画像を選択する．
 

・連続切片画像が重ねられた「Stack」画像が表示される．
 

こんな感じ．下のスライドバーを動かせば，Stackされているか確認できる．
 

・Stack画面を選択した状態でShift+Cで「Brightness & Contrast」が調整できる．

・スライドバーで調整して，周りのゴミなどが写らないように調整する．

・この際，(Fiji Is Just) Image Jウィンドウの「Process> Sharpen」などで，

より精彩な画像にする事ができるようです．

※上の画像は調整済．
 

3. 立体構築

・(Fiji Is Just) Image Jウィンドウを選択し，

「Plugins> 3D Viewer」で3D画像が構築できる．

こんな感じ．後はマウスでぐりぐり動かして3D映像のエンジョイできます．
 

Virtual dissectingの方法などはまだ勉強中．

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以前串本で採れたこのモヅル．
 

その後解析を進めてみたところ，やはり面白い種である事がわかりつつあります．
 

そこで科博に行ってCTスキャン映像を撮ってきました

この筒の中に入れる必要があるので，泣く泣く腕をカット．

科学に犠牲はつきものです．
 

そしてスキャン

おお！いろいろ見えてるじゃありませんか！
 

最近，スキャンの使い方も色々とわかってきて，

軌道に乗り始めた感触です．ホクホクです．
 

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 科博でクモヒトデ標本の観察を行ってきました。
 

今回使うのはX線CTスキャンです。

脳外科などで使われているアレです．

標本にX線を当てて，非破壊的に内部構造を観察できる装置です。
 

上の画像の出っ張った部分を開け，

このような筒をセットします．
 

そしてその中に標本をセットし，ふたを閉じます．
 

そして，スキャン開始。

X線発生装置のある本体の中に吸い込まれていく標本。

気分はドナドナです．
 

操作は基本的に横に設置したPCで行います．

まずは軟X線で全体の構造がみられるので，

どこまで撮りたいかを決めます．
 

大きさにもよりますが，小さければ20-30分，大きければ数時間といったところです．
 

計測範囲を決めたら，スキャン開始。

後は結果が出るのを待つのみ。
 

こんな風にして片っ端からクモヒトデのスキャンを行いました．
 

一緒にサンゴをスキャンしていた千徳博士は，

得られた画像から立体構造の復元をしていました．
 

続く．

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