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RAxML

RAxMLによる最尤法系統樹推定

※もっと良いやり方をご存知の方はそっと教えてください.

塩基配列データ作成(MEGA, SeaView)

MEGAでの作業

  • MEGAでアライメントを行ったセッションを出力する.配列の結合を行う場合は,その後SeaViewで読み込むので,”.nexus” or “.nex”でも”.fasta” or “.fas”とかでもOK.行わない場合は”.phylip or “.phy”で出力.
  • ↑のファイルのOTU名は,それぞれのファイルで同じにしておく(”Ophi281_COI”とか”Ophi281_16S”じゃダメ).また,配列内のギャップ(”-“で指定する事が多い)と混同する事が多いため,OTU名には”-“は使わないほうがいい.

SeaViewでの作業(配列を結合する場合)

  • FileタブのOpen ***(***はファイルのフォーマット)を選び,結合させたい配列その1を選ぶ.
  • 同じようにその2,その3を選ぶ.それぞれ別ウィンドウで表示されればOKだが,不安な場合はFileタブのNew windowを選び,新しいウィンドウで配列を読み込めばOK.
  • FileタブのConcatenateを選ぶと,結合先の配列選ぶウィンドウが表示されるので,結合したい配列を選ぶ.by nameを選び,”OK”をクリック.
  • 上手くいけば,各OTUの後に配列が付加される.
  • これで準備完了.最終的な結合配列をFileタブのSave asからphylip形式で保存する(RA.phyとしましょう).
最尤法系統樹作成(RAxML)
  • 解析用の適当なフォルダ(RAとしましょう)を作り,その中にRA.phyを入れておく.
  • RA内にパーティション分け用のファイルを作っておく.例えば1-300 bpまでが16S, 301-1200までがCOIの場合は,以下のようなテキストデータファイルを作ります(partition.txtとしましょう).

DNA, 16S=1-300
DNA, COI=301-1200


  • RA内に”raxmlHPC.exe”を入れておく.これがRAxMLの起動ファイルです.これで準備完了.
  • コマンドプロンプトを起動(ウィンドウズメニューから探すか,ファイル検索で”cmd.exe”を検索)し,”cd 「RAのアドレス」”を入力してRA内に移動します.「RAのアドレス」はフォルダのアドレスバーの部分を左クリックすると”C:\Users\****\Desktop\研究\分子系統解析\RA”みたいなのが選択できるので,コピーしてコマンドプロンプト内で右クリックするとペーストできます.
  • “>”の後ろにRAxMLの起動コマンドを入力します.このコマンドは色々あるのですが,例えば

raxmlHPC -f a -m GTRGAMMA -p 12345 -x 12345 -# 1000 -s RA.phy -q partition.txt -n out

  • と入力すれば解析が始まり,GTRGAMMAモデルでブートストラップ1000回行った最尤法系統樹が得られます.
  • このコマンドなどについては井上潤さんのページにすごく詳しいです.
  • 出力されたファイルのうち,”RAxML_bipartitions.out”が系統樹のファイルです.TreeViewやFigtreeなどで閲覧して見てみましょう.

更新:2017年3月5日