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プロフィール オカニシマサノリ

講演します

平成29年度自然史学会連合の公開講座で講演をいたします.

詳細は以下の通りです.
 

平成29年度 自然史学会連合 公開講座
海の今昔を深~~く探る。
 

開催期日: 2017 年 11 月 4 日(土)
会 場: アクアマリン福島

(福島県いわき市小名浜字辰巳町50)

 

アクセス: http://www.aquamarine.or.jp/info/access.html
※事前申し込みなどは不要です。ただし、アクアマリンふくしまの入館料が必要です。
 

講演会内容
 

自然史学会連合では、ひろく自然史学の普及を目的とした講演会を毎年開催しております。初めて水族館で開催する今回の講演会では、海をテーマに、いわき市で見つかったフタバスズキリュウ、生きた化石のシーラカンス、不思議な生き物テヅルモヅル、そして水の中のDNAに関する最新の研究成果を分かりやすく紹介します。
 

会場:マリンシアター
 

13:00-13:10 開会のあいさつ
安部義孝館長(ふくしま海洋科学館)
 

13:10-13:40 ザ・シーラカンス –アクアマリンふくしまの調査−
岩田雅光(ふくしま海洋科学館)
13:40-13:50 休憩
 

13:50-14:20 恐竜時代の海の中~フタバスズキリュウの世界
佐藤たまき(東京学芸大学)
14:20-14:30 休憩
 

14:30-14:50 謎の深海生物テヅルモヅルを分類する-現在になってわかること-
岡西政典(東京大学三崎臨海実験所)
14:50-15:00 休憩
 

15:00-15:30 バケツ一杯の水で棲んでいる魚がわかる技術
:環境DNAメタバーコーディング
宮 正樹(千葉県立中央博物館)
 

15:30-15:50 質問コーナー
15:50-16:00 自然史学会連合からお礼のご挨拶
 

もしアクアマリンふくしまにお出かけをお考えの方は,

是非お立ち寄りください.


ありがとうございました

ちょっと投稿の順番が変わりますが…

9月をもって,茨城大学を去りました.
 

茨城大学での2年間は本当に濃厚で,

振り返ってみると,楽しい思い出しかありません.
 

研究に教育に打ち込める環境を与えてくださった茨城大学には,

感謝の気持ちしかありません.
 

この2年間の事を,私は一生忘れる事はないでしょう.

本当にありがとうございました.



引っ越しの荷物.

廊下を埋め尽くすばかりのものがあったのですね.
 

引っ越す直前の研究室.

2年間,ありがとう.


 

越してきたばかりの頃を思い出します.



お世話になった学生,先生と.



謎のアーチを作ってもらいました(笑)

本当にありがとう!

皆も元気で!

 


異動しました

最近全く更新しておりませんでしたが,生きています.

ちゃんと調査や研究に,忙しくしておりました.

沖縄で潜ったり,船で沖ノ鳥島までいったりと,いろいろありましたが,

最近で一番大きな出来事は,所属が変わった事です.
 

実は10月1日を持って,東京大学の三崎臨海実験所に異動することとなりました.

もうこちらに来て10日経ち,やっと落ち着いてきたところです.
 

こちらでは特任助教として,三崎の実習教育や研究に携わっていく予定です.

皆さん,神奈川にお立ち寄りの際には,是非三崎にも足をお伸ばし下さい.

自宅近くの漁港の風景です.

また海の近くに帰ってきたのだと実感します.

また,近況などを定期的に更新していきます!


理学部の窓から

水戸にも,やっと春が訪れつつあります.

とはいえ,まだまだ朝晩は冷えますが.



しかし,生命活動は確実に春を迎える準備をしています.

毎度おなじみの圃場でも,実験を行うための準備がなされています.

新たな一年の始まりですね!


論説が出版されました

うみうし通信に論説が出版されました.
 

岡西政典* (2017)

クモヒトデ綱(棘皮動物門)の系統分類の現状(2)

うみうし通信. 94: 10—12.
 

本論説は、最近激変期を迎えつつあるクモヒトデ類の系統分類についてのレビューを行ったものです.実は二部作になっており,前作(クモヒトデ綱(棘皮動物門)の系統分類の現状(1))は,うみうし通信の前号(93号)に掲載されています.

これでシリーズ終了,のはずでしたが,ひょっとするともう少し続くかもしれません.


論文が出版されました

2016年度ギリギリに論文が発表されました.テヅルモヅルの仲間であるキヌガサモヅルをマイクロX線で観察して,分類学・形態学的に非常に有用なツールであることを提唱した,という内容です.ご興味がお有りの方は,以下よりアクセスできます(オープンアクセス)
 

Zookeys
http://zookeys.pensoft.net/articles.php?id=11413



書誌情報
Okanishi, M, Fujita, T, Maekawa, Y, Sasaki, T. (2017) Non-destructive morphological observations of the fleshy brittle star, Asteronyx loveni using micro-computed tomography (Echinodermata, Ophiuroidea, Euryalida). Zookeys. 663: 1-19.



また,本研究は,国内初の学術系クラウドファンディングサイトであるacademistからのご支援の一部を元に得られた初の論文成果ということで,茨城大学をはじめとする各所でプレスリリースされることとなりました.



academistを通じてご支援いただいた皆様,本当にありがとうございました.academist資金を快く受け入れてくださった京都大学の皆様,プレスリリースしてくださった茨城大学の皆様,そしてacademistの皆様,特に一番最初の挑戦を薦めてくださった柴藤さん,ありがとうございました.



academistの支援成果としてはまだまだ一部です.今後の更なる成果にご期待いただければと思います.

以下,プレスリリースです.



茨城大学
http://www.ibaraki.ac.jp/news/2017/03/280911.html

Euekalert!
https://www.eurekalert.org/pub_rel…/2017-03/pp-tfc032717.php


理学部の窓から⑨

寒いですね.

今日は朝から降っていた雨が,昼前にみぞれ交じりとなっていました.

恐ろしや.

 

全然みぞれ感が伝わりませんね(笑)

しかしこれが過ぎて春が来れば,この圃場にも芽生えが訪れる事でしょう.


MEGAによる最尤法系統樹推定

MEGAは視覚的にわかりやすいGUI形式ですので,

特に解説は必要ないと思いますが,備忘録的に.



アライメントした配列を用意します.COI配列です.

Data→Phylogenetic Analysisを選択.



アミノ酸のコーディング領域かどうかを聞かれます.

今回はCOIなのでYesです.



うまくいけばこのようなウィンドウが表示されます.

MEGAの基本ウィンドウ(ここではMEGA 6.06(6140226))でPhylogeny→Construct/Test Maximum Likelihood Tree…を選択.



ここで解析のパラメーターを設定します.



Phylogeny Test :どのように系統を検定するかです.各枝の信頼性が得たい場合はここでBootstrap Methodを選択しましょう.

No. of Bootstrap Replications:Bootstrap検定を何回行うかです.100回でも構いませんが,1000回くらいはしたほうが無難です.2-3000回やってる論文もたまに見かけます.

Substitution Type:塩基(Nucleotide)かアミノ酸(Amino Acid)が選べます.選べないと困ります.

Model/Method:塩基(アミノ酸)置換モデルが選べます.

Rates among Sites:座位ごとの置換の頻度の違いを,ガンマ分布に基づいて分類するか否かを設定できます.

No of Discrete Gamma Categories:ガンマカテゴリ数を設定できます.

Gaps/Missing Data Treatment:ギャップの扱いの設定です.Complete deletionとすると,一つでもギャップがあるサイト(列)を解析からのぞけます.

ML Heuristic Method:最尤法系統樹の探索方法を選べます.系統樹探索方法についてはまたどこかで書くかもしれませんが,局所解がたくさんあるようなデータセットだと,ここでの方法選びは結構重要だと思います.いくつか試してみても良いかもしれません.

Initial Tree for ML:系統樹探索を行う際の,最初の出発点の系統樹の作成法を選びます.上記した通り,これも結構重要だと思います.デフォルトのNJでも問題はないと思いますが,もし既にそれらしい系統樹があるのであれば,それを設定する事もできます.

Blanch Swap Filter:系統樹探索の際の枝の入れ替えの大胆さを決めます.Strongにすると枝長の入れ替えがより消極的になり,解析時間は短くなりますが,考慮する系統樹は少なくなります.よりWeakにすると,枝長の入れ替えが大胆になり,解析時間は長くなりますが,考慮する系統樹が多くなるようです.



パラメーター設定が終わったら,Computeをクリックして解析開始です.

Progressが100%になるまで,気長に待ちましょう.



解析が終わると,このようにTree Explorerに系統樹が表示されます.

各枝の上にブートストラップ確率(2桁の整数)と枝の下に枝長(有理数)が示されています.



このExplorerで色々系統樹をいじれます.例えば特定の枝を選択して,左上のコマンドの中からPlace root on Branchを選ぶと



外群を指定できます.



他にもCompress/Expand Subtreeで,枝を一つにまとめたり,



Fit Tree to Screenで,ウィンドウ内に系統を収めたり,



Flip Subtreeで枝の上下を入れ替えたりできます.

良い時代になりました.



この他にもたくさんのコマンドがありますが,感覚的に理解できると思いますので,いろいろ試してみてください.



今日はここまで.