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CT画像からの立体構築①

 

Image Jを使ったCT画像の立体構築の方法について,

少し(ホントに初歩的ですが)出来るようになったので備忘録もかねて紹介します.

今回はFijiというImage Jの画像処理パッケージを使用します.
 

用意するものは以下の通り.
 

1.  連続切片画像データ(組織切片画像などは別途ズレを調整する必要あり)

2. Fijiソフトウェア

3. 立体構築にかける意気込み 
 

○準備

・連続画像データのファイル名は全て連続番号にしておく.

・立体構築を行うためのフォルダ(今回は「3D」とします)を作り,

その中を連続画像データだけにしておく.
 

CT1

「3D」フォルダ内がこんな感じになればOK. 
 

1.Fiji をDLする.

http://fiji.sc/Fijiのリンク先の”Downloads”から適切なver.をDLする.

・fiji.weim64.zipがDLされるので,解凍する.

・解凍先(デスクトップにしておくと便利)にFiji.appフォルダーができる.
 

2. Fijiで画像を読み込む

・Fiji.appフォルダ内のImageJ-win64.exeを立ち上げる.

CT2

・こんなのが立ち上がるので,「File> Import> Image Sequence」を選択し,

「3D」フォルダの中から最も番号の若い連続切片画像を選択する.
 

・連続切片画像が重ねられた「Stack」画像が表示される.
 

CT3

こんな感じ.下のスライドバーを動かせば,Stackされているか確認できる.
 

・Stack画面を選択した状態でShift+Cで「Brightness & Contrast」が調整できる.

・スライドバーで調整して,周りのゴミなどが写らないように調整する.

・この際,(Fiji Is Just) Image Jウィンドウの「Process> Sharpen」などで,

より精彩な画像にする事ができるようです.

※上の画像は調整済.
 

3. 立体構築

・(Fiji Is Just) Image Jウィンドウを選択し,

「Plugins> 3D Viewer」で3D画像が構築できる.

CT4

こんな感じ.後はマウスでぐりぐり動かして3D映像のエンジョイできます.
 

Virtual dissectingの方法などはまだ勉強中.