アミノ酸配列をコードしている領域の場合は，
DNA配列をアミノ酸配列に変換することで，
正しく配列が得られているか確認できます．
こちらは，アミノ酸をコードしているミトコンドリアのCOI領域
のDNA配列をアライメントしたものです．
ちなみに，このOTUの名前の付け方は長すぎる上に，
()とか系統解析状優しくない記号が使われている悪い例です．
各配列の一番上の行にアスタリスク(*)が示してある列は，
全てのOTUで塩基置換が同じ事を示しています．
従って，*が無い列はどこかのOTUで塩基置換が起きています．
この*を見ると，二列おきに無くなっている傾向が見られると思います．
これは，この配列がアミノ酸をコードするコドンは塩基3つで一組となっており，
その三番目が置換しやすい事を表しています．
左上の方のDNA Sequencesの横のTranslated Protein Sequencesのタブをクリックすると，
このようなウィンドウがポップアップするので，
Yesを選択するとDNA配列がアミノ酸配列に変換されます．
Noを選択すると，
このように，コドンがコードするアミノ酸の遺伝コードを選択する事ができます．
分類群に合わせて変更しましょう．
遺伝子コード表は，Data→Select Genetic Code Tableからも選択できます．
これが置換後のアミノ酸配列です．色付きの文字は全てアミノ酸です．
灰色の*は，ストップコドンでこれが見られる場合は，
アミノ酸変換が上手くいっていない事がほとんどです
（勿論，複数の遺伝子が発現するためのストップコドンの場合もあります）．
というわけで，一番左の列を削除してもう一度アミノ酸変換してみました．
うーん，まだストップコドンがみられます．
更にもう一列削除してアミノ酸変換しました．
ストップコドンもみられず，配列も結構「揃って」います．
恐らく，これで正しくアミノ酸配列に変換できたものと思われます．
今日はここまで．
