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DNaSP

ArelquinによるAMOVA解析

※もっと良いやり方をご存知の方はそっと教えてください.

参考

http://hanzawalab.blog.fc2.com/blog-entry-43.html

http://nonomasu.blog.fc2.com/blog-entry-7.html

塩基配列データ作成(MEGA, DNAsP)

MEGAでの作業

  • MEGAでアライメントを行ったセッションをnexusファイルで出力する(Amo.nexusとしましょう).この段階で,AMOVA解析で扱う集団ごとにまとまるように配列の順番を入れ替えておくと後が楽.

DnaSPでの作業

  • 解析用のフォルダ(Amoとしましょう)を作り,その中にAmo.nexusを入れておく.

  • DnaSPを立ち上げ,File→Open Data FileでAmo.nexusを読み込む.
     

 

  • Data Informationが表示されれば,読み込み成功.Data InformationをCloseで閉じる.
     

 

  • Data→Formatでデータの形式を指定する.例えばミトコンドリアの16Sの場合は,DNA, Haploid, Mitochondorialにチェックを入れてOKをクリック.



 

  • Data→Define Sequence SetsでOTUのグループ分けを指定する.List of All Sequenesから,”>>”でIncluded  ListにOTUを移動し,Add new Sequence Setで名前を付ける.
  • 全てのグループに名前を付けたら,Update All Entries(赤文字になっているはず)をクリック.
  • Save/Export Data as…→Arlequin File Formatを選ぶ.
     

  • Not considered, Included,  Arlequin Haplotype Listにチェックが入っている事を確認し,OK.
  • .hapと.arpの二つを保存する.Amo.hap, Amo.arpとしましょう..hapは.arpのバッチファイル的なものらしく,必ずペアでAmoに保存しておく.
  • Amova解析の際には各集団を更に上位の集団にまとめる必要があるので,以下のテキストをAmo.arpの末尾に貼り付ける.赤字は任意に変えられる部分.

[[Structure]]

StructureName=”任意の名前
NbGroups=4

Group={
DnaSPで定義したグループ名1
}

Group={
DnaSPで定義したグループ名2
DnaSPで定義したグループ名3
}

Group={
DnaSPで定義したグループ名4

Group={
DnaSPで定義したグループ名5
DnaSPで定義したグループ名6
}


  • これでArlequin用の準備完了 .

※Arelquin上でもっと簡単にグループ設定する方法がありました↓

AMOVA解析(Arlequin)
  • Arelquinを起動し,”Open project”でAmo.arpを選択.左側の枠にSamplesやGroupsが表示されたらOK.

  • グループを設定する場合は,Structure Editorをクリックし,Population samplesの横のGroup(デフォルトでは0が表示されている)をダブルクリックし,任意のグループ名を入れると.右側の枠に階層構造として出力される.最後はUpdate ProjectをクリックすればOK.Projectタブでグループ分けが出来たかどうか確認できる.
  • “Settings”でAMOVAを選び,Standard AMOVA…をチェックし,プルダウンメニューの下の方で塩基置換モデルを選べる.普通はKimura 2Pが無難.
  • “Start”をクリックして解析.うまくいけば,Amo内にログなどが入ったAmo.resというフォルダが作成される.この中のAmo.xmlにAMOVA解析結果がHTML形式で保存されている.

更新:2017/3/11


ハプロタイプネットワーク構築

※もっと良いやり方をご存知の方はそっと教えてください.

塩基配列データ作成(MEGA, DnaSP)

MEGAでの作業

  • MEGAでアライメントを行ったセッションを,”.nexus”で出力する.

DnaSPでの作業

  • 出力したファイルをDnaSPで読み込む(File→Open Data File).
  • Data Informationウィンドウが表示されたら読み込み完了.Closeでウィンドウを閉じる.この時,Nは読み込むが,その他の記号(YとかWとか)は読み込まないようなので,おとなしくNに変換するか,その配列もしくはOTUは削除する.
  • Generate→Haplotype Data Fileで,Haplotype/DNA… ウィンドウを表示させる.GenerateのRoehl Data File (Network software)をチェックし,.rdfファイルを出力する.
  • この時Output of:… というウィンドウが表示されるが,これはハプロタイプとOTU名の対応が書かれた重要なデータなので,メモ帳にコピペなどをしておく(Haplotype/DNA… ウィンドウでNEXUS Haplotype Data Fileにチェックを入れば,.nexとして出力できる).
ハプロタイプネットワーク作成(Network)

Network での作業

  • Data Entry→Import rdf fileで,.rdfファイルを読み込む.
  • File selection ウィンドウでDNA Nucleotide dataがチェックされている事を確認し,Continueをクリック→.rdfファイルを開く.
  • RDF-Editorウィンドウで各種設定を確認・変更可能.設定が終わったらSaveをクリックし,元の.rdfファイルを上書き,あるいは別名で保存.
  • RDF-EditorウィンドウをExitで閉じ,Calculate Network→Network Calculations→Median JoiningでMedian Joiningウィンドウが開く.
  • Median JoiningウィンドウでFile→Openで.rdfファイルを再び開く.
  • Median JoiningウィンドウでCalculate networkをクリックすると計算が開始され,.outファイルが出力される.
  • メインウィンドウのDraw networkでDraw Networkウィンドウを表示させ,File→Openで/outファイルを開く.
  • OK→Yes→Continue→Finaliseでハプロタイプネットワークが完成.各ハプロタイプを右クリックすると,円グラフの組成がいじれる.

 

更新:2017年3月4日