※もっと良いやり方をご存知の方はそっと教えてください．
| 塩基配列データ作成（MEGA, DnaSP） |
MEGAでの作業
- MEGAでアライメントを行ったセッションを，”.nexus”で出力する.
DnaSPでの作業
- 出力したファイルをDnaSPで読み込む（File→Open Data File）．
- Data Informationウィンドウが表示されたら読み込み完了．Closeでウィンドウを閉じる．この時，Nは読み込むが，その他の記号（YとかWとか）は読み込まないようなので，おとなしくNに変換するか，その配列もしくはOTUは削除する．
- Generate→Haplotype Data Fileで，Haplotype/DNA… ウィンドウを表示させる．GenerateのRoehl Data File (Network software)をチェックし，.rdfファイルを出力する．
- この時Output of:… というウィンドウが表示されるが，これはハプロタイプとOTU名の対応が書かれた重要なデータなので，メモ帳にコピペなどをしておく（Haplotype/DNA… ウィンドウでNEXUS Haplotype Data Fileにチェックを入れば，.nexとして出力できる）．
| ハプロタイプネットワーク作成（Network） |
Network での作業
- Data Entry→Import rdf fileで，.rdfファイルを読み込む．
- File selection ウィンドウでDNA Nucleotide dataがチェックされている事を確認し，Continueをクリック→.rdfファイルを開く．
- RDF-Editorウィンドウで各種設定を確認・変更可能．設定が終わったらSaveをクリックし，元の.rdfファイルを上書き，あるいは別名で保存．
- RDF-EditorウィンドウをExitで閉じ，Calculate Network→Network Calculations→Median JoiningでMedian Joiningウィンドウが開く．
- Median JoiningウィンドウでFile→Openで.rdfファイルを再び開く．
- Median JoiningウィンドウでCalculate networkをクリックすると計算が開始され，.outファイルが出力される．
- メインウィンドウのDraw networkでDraw Networkウィンドウを表示させ，File→Openで/outファイルを開く．
- OK→Yes→Continue→Finaliseでハプロタイプネットワークが完成．各ハプロタイプを右クリックすると，円グラフの組成がいじれる．
更新：2017年3月4日
