MEGAは視覚的にわかりやすいGUI形式ですので，
特に解説は必要ないと思いますが，備忘録的に．
アライメントした配列を用意します．COI配列です．
Data→Phylogenetic Analysisを選択．
アミノ酸のコーディング領域かどうかを聞かれます．
今回はCOIなのでYesです．
うまくいけばこのようなウィンドウが表示されます．
MEGAの基本ウィンドウ（ここではMEGA 6.06(6140226)）でPhylogeny→Construct/Test Maximum Likelihood Tree…を選択．
ここで解析のパラメーターを設定します．
Phylogeny Test ：どのように系統を検定するかです．各枝の信頼性が得たい場合はここでBootstrap Methodを選択しましょう．
No. of Bootstrap Replications：Bootstrap検定を何回行うかです．100回でも構いませんが，1000回くらいはしたほうが無難です．2-3000回やってる論文もたまに見かけます．
Substitution Type：塩基（Nucleotide）かアミノ酸（Amino Acid）が選べます．選べないと困ります．
Model/Method：塩基（アミノ酸）置換モデルが選べます．
Rates among Sites：座位ごとの置換の頻度の違いを，ガンマ分布に基づいて分類するか否かを設定できます．
No of Discrete Gamma Categories：ガンマカテゴリ数を設定できます．
Gaps/Missing Data Treatment：ギャップの扱いの設定です．Complete deletionとすると，一つでもギャップがあるサイト（列）を解析からのぞけます．
ML Heuristic Method：最尤法系統樹の探索方法を選べます．系統樹探索方法についてはまたどこかで書くかもしれませんが，局所解がたくさんあるようなデータセットだと，ここでの方法選びは結構重要だと思います．いくつか試してみても良いかもしれません．
Initial Tree for ML：系統樹探索を行う際の，最初の出発点の系統樹の作成法を選びます．上記した通り，これも結構重要だと思います．デフォルトのNJでも問題はないと思いますが，もし既にそれらしい系統樹があるのであれば，それを設定する事もできます．
Blanch Swap Filter：系統樹探索の際の枝の入れ替えの大胆さを決めます．Strongにすると枝長の入れ替えがより消極的になり，解析時間は短くなりますが，考慮する系統樹は少なくなります．よりWeakにすると，枝長の入れ替えが大胆になり，解析時間は長くなりますが，考慮する系統樹が多くなるようです．
パラメーター設定が終わったら，Computeをクリックして解析開始です．
Progressが100%になるまで，気長に待ちましょう．
解析が終わると，このようにTree Explorerに系統樹が表示されます．
各枝の上にブートストラップ確率（2桁の整数）と枝の下に枝長（有理数）が示されています．
このExplorerで色々系統樹をいじれます．例えば特定の枝を選択して，左上のコマンドの中からPlace root on Branchを選ぶと
外群を指定できます．
他にもCompress/Expand Subtreeで，枝を一つにまとめたり，
Fit Tree to Screenで，ウィンドウ内に系統を収めたり，
Flip Subtreeで枝の上下を入れ替えたりできます．
良い時代になりました．
この他にもたくさんのコマンドがありますが，感覚的に理解できると思いますので，いろいろ試してみてください．
今日はここまで．
